El diseño y el montaje museográfico propone el equilibrio entre elementos que refieran al periodo histórico que aborda el museo. Por ejemplo, la utilización de remates gráficos y ornamentales de época, así como la referencia a la textura de los damascos antiguos como fondo del cedulario. Se incluyen también, materiales contemporáneos.

Se aprovechó la transparencia del vidrio para el cedulario y señalización, y los elementos gráficos donde se aprecian varios planos, así como el aluminio para los soportes. La utilización de ciertos elementos de madera en el mobiliario museográfico, establece una relación de cercanía con la carpintería original del inmueble, brindándole calidez al diseño.

Los arreglos tipográficos se realizaron a partir de los tipos romanos, concretamente Adobe Garamond. Para reforzar la imagen del recinto como museo histórico, se incluyeron en los gráficos letras capitulares y la utilización de versalitas, así como numerales de ojo antiguo.

Por último, se diseñó el logotipo del museo a partir de la firma de Ignacio de Allende, vinculada al águila y la serpiente de las primeras banderas insurgentes de 1810.